anch'io ho avuto problemi del genere con l'upgrade del bios da 1009 a 1011: secondo me il fatto è che viene aggiornato anche il bios del controller sata silicon.
infatti i sistemi operativi che risiedono su dischi eide si avviano normalmente e poi richiedono nuovamente il driver del controller sata prima di riconoscere nuovamente i dischi su quel controller.
fai qualche prova col vecchio bios.